Третий сезон «Бумажного дома» стартует спустя некоторое время после громкого ограбления Королевского монетного двора. Герои наслаждаются жизнью на разных континентах, но судьба настигает их - из-за неосторожного общения Рио попадает в руки Европола. Профессор принимает рискованное решение: организовать новое ограбление, на этот раз - нападение на Банк Испании. Это вынужденная сделка, чтобы вытащить Рио из плена и спасти его от пыток.
Профессор вновь собирает команду, пополняя её новыми участниками - Боготой, Палермо и Марселем. Они готовы к новой миссии. Пробравшись в строго охраняемый банк с замаскированными лицами, они берут заложников и начинают очередное безумие. Профессор и Лиссабон, передвигаясь на автодоме и в карете скорой помощи, держат связь с группой и полицией, играя в опасные игры. По ходу развития событий герои сталкиваются с бесчисленными проблемами: постоянно меняющиеся противники, беременность инспектора Алисии Сьерры, коварные расследования, попытки отключения мощностей, ожесточённое соперничество полковника Луиса Тамайо и другие серьёзные препятствия.
Серия завершается неразрешённой интригой: тяжело раненную Найроби доставляют туда, где держат в плену Лиссабон. Финальный момент не даёт зрителям передышки - Профессор оказывается в лабиринте собственных ловушек, и «война только началась». Сезон заканчивается ярким заявлением: «Мы видели множество воплощений и сценариев, но только стоя перед историей, возможно, только само бумажное здание оглянется и поймёт, что на самом деле произошло».